En este edificio podemos encontrar además el Archivo Diocesano, el cual cuenta con unas modernas instalaciones para la conservación de los documentos provenientes de las diversas parroquias de la diócesis burgalesa.
Frente al Palacio Arzobispal se levanta la Facultad de Teología, antiguo Seminario de San Jerónimo. El edificio fue construido en 1861 por el arquitecto Luis de Villanueva, que empleó la clásica superposición de cuerpos de ladrillo sobre basamento inferior de piedra. En su construcción empleó un estilo academicista. Este edificio vino a convertirse en uno de los hitos arquitectónicos más importantes de la naciente calle que estaba surgiendo a raíz del derribo de las murallas (actual calle de Eduardo Martínez del Campo). En su interior destaca la capilla, que se realizó en estilo ecléctico. A pesar de que la mayor parte del edificio es del siglo XIX, se conservan algunos restos de la primitiva construcción del siglo XVII. Muy notable es la rica biblioteca que se custodia en este centro docente, fruto de la reunión de múltiples bibliotecas de monasterios desamortizados, en la que destacan importantes incunables y ediciones del siglo XVI.