A finales del siglo XVI, asistimos a una desintegración de la Ciudad. Las principales causas no fueron, exclusivamente, internas, alcanzaron una categoría superior: Las guerras de Flandes, el descubrimiento de América, el centralismo de los monarcas absolutos agravado con las circunstancias del traslado de la Capital a Madrid. También influyeron otras causas de carácter localista, como las famosas pestes, que castigaron a Burgos, principalmente en el último cuarto de siglo, diezmando su población.
Desarmado el marco económico y social burgalés, decayeron los caminos y las vías de comunicación; Burgos entró en un gran sopor y aislamiento, la crisis se refleja en un documento custodiado en el Archivo Municipal..."..La Ciudad está tan despoblada y sin gente, que la que hay se sale a vivir fuera , por no poder sustentarse y están las casas y edificios casi todos arruinados y por el suelo..."
En este estado de desolación permanece Burgos hasta las últimas décadas del siglo XVIII, en que el Despotismo Ilustrado pareció renovar la Ciudad, pero sus esfuerzos resultaron inútiles.

Se intentó restaurar el Consulado; la Real Cédula de 16 de Marzo de 1763 reponía la gran institución del Consulado, pero un monopolio lanero no tenia sentido en una economía de escasa exportación. En Burgos había que implantarlo todo artificialmente: el dinero, los mercaderes, los medios de transportes...

El Consulado languideció muy pronto y a partir de 1781 se orientó hacia una Academia de Artes y Oficios y otras actividades benéfico-culturales muy a tono con la mentalidad de la época. Algo semejante sucedió con la Facultad de Medicina, establecida en el antiguo Hospital de la Concepción, instaurada en 1799, desapareciendo hacia 1817. En esta época la Ciudad experimentó superficiales reformas de urbanismo: "El Puente de San Pablo, la reposición de manguardas, la composición de caminos, el Consistorio que se va a construir en el lugar de unos corredores antiguos e indecentes"