Il a été entièrement restauré en 2002 après avoir été incendié et a été rouvert au culte en 2003. Son retable principal et son orgue ont été perdus dans l’incendie.
Érigé entre 1498 et 1515 avec le soutien de Francisco del Castillo et Leonor Pesquera, dont les élégantes tombes Renaissance sont conservées à la tête d’un temple qui se distingue par sa remarquable finesse. De l’ancien couvent, il y a le cloître Renaissance, œuvre de Juan de Vallejo et l’église gothique, construite par Simón de Colonia et Diego de Siloé. Sur sa façade de style flamboyant se trouvent les armoiries du los Castillo y Pesquera. Sa construction a été un axe important d’urbanisation pour la rive sud de l’Arlanzón, autour du quartier toujours dynamique de Vega. Après avoir été confisqué au XIXe siècle et temporairement utilisé comme hôpital militaire, le bâtiment a été acquis en 1880 par les Jésuites, qui ont construit une nouvelle résidence à côté du temple.