Ses origines remontent probablement au huitième siècle, mais c’est à la fin du neuvième siècle que le roi Alphonse III fonda la ville et qu’il devint un centre important de grande puissance et d’influence culturelle.
Son histoire est liée à celle de Rodrigo Díaz de Vivar, le Cid. Selon la légende, c’est là que sa femme et ses enfants sont restés pendant leur exil. Le monastère a gardé le sépulcre du héros castillan pendant des siècles jusqu’à ce que ses restes soient profanés en 1808. Dans le monastère se trouve la tombe de Babieca, la jument du Cid.
L’abbaye a été rénovée aux XVIIe et XVIIIe siècles. Au XIXe siècle, il fut pillé par les troupes françaises lors de l’invasion et abandonné pendant presque un siècle après la confiscation de Mendizábal. Pendant la guerre civile, il a été utilisé comme camp de concentration. Depuis 1941, il a retrouvé son usage monacal avec l’arrivée de moines trappistes cisterciens.
