En 1074 las Infantas Dª Elvira y Dª Urraca, hermanas de Alfonso VI, trasladan la diócesis de Oca a Gamonal, y el Rey cede su Palacio en Burgos para la construción de la catedral románica de Santa María.

El Cid queda indisolublemente unido a Burgos con la jura de Santa Gadea y el destierro.

Alfonso VIII establece su corte en Burgos y funda en los alrededores el Monasterio de las Huelgas, y comienza la construcción de las murallas de la Ciudad.

Fernando III celebró en Burgos sus Bodas con Dª Beatriz de Suabia. La sencilla catedral románica de Alfonso VI se derriba y en su lugar se levanta el suntuoso edificio gótico que se completará durante largo tiempo.

A partir de este momento, con la Catedral posee Burgos un punto central en torno al cual la ciudad toma su sentido y conciencia de ser. De burgo militar se transforma en burgo mercantil.

Por los caminos van y vienen mercancías, pero también formas artísticas y literarias, El Camino de Santiago fue vital para Burgos en este periodo. Lacarra, ha señalado claramente la existencia de dos ciudades paralelas, una la fundada por Diego Porcelos, donde se decidían los hechos más importantes del Reino, otra la Ciudad, que es nudo fundamental en el camino compostelano con sus hospitales y comercio.

La Ciudad política es testigo de los más variopintos sucesos, cuyos protagonistas son los reyes y sus nobles, enlazados en continuas discordias. Son los reinados de Alfonso X, Sancho IV, Fernando IV y los nobles pertenecientes a los linajes de los Lara, Rojas, Tovar, etc...