En el siglo XIV se construyó un nuevo convento para la Orden Trinitaria y su extensión cubría el actual Parque del Doctor Vara. Durante cinco siglos esta congregación habitó este edificio de la Calle San Francisco, hasta 1836, cuando el Real Decreto de exclaustración y la Desamortización de Mendizabal obligó a los religiosos a abandonar el edificio.
Los frailes trinitarios albergaban en su congregación el Cristo de las Santas Gotas. Esta talla sufrió un accidente en 1366, durante la reparación del tejado una de las tablas cayó sobre la imagen y en concreto en su nariz, cayéndole 16 gotas de sangre. Este Cristo de Burgos se encuentra actualmente en la Capilla del Santísimo Cristo de las Gotas de la Iglesia de San Gil Abad.
