Fue levantada entre 1498 y 1515 con el apoyo de Francisco del Castillo y Leonor Pesquera.  Sus elegantes sepulcros renacentistas se conservan en la cabecera de un templo que destaca por su notable esbeltez. Del antiguo convento quedan el claustro renacentista, obra de Juan de Vallejo y la iglesia de estilo gótico, construida por Simón de Colonia y Diego de Siloé. En su portada, de estilo flamígero, están ubicados los escudos de los Castillo y Pesquera. Su construcción fue un importante foco de urbanización para la orilla sur del Arlanzón, en torno al siempre dinámico barrio de Vega. Tras ser desamortizado en el siglo XIX y empleado temporalmente como hospital militar, el edificio fue adquirido en 1880, por los PP. Jesuitas, quienes erigieron una nueva residencia junto al templo.