El edificio se levanta sobre antiguas estancias del convento que todavía se conservaban (claustro, sala capitular y refectorio, principalmente). Se articula en forma de pi griega alrededor del patio monacal ajardinado. La fachada principal de calle Madrid permite la contemplación de los elementos de carácter histórico-artístico a través de un pórtico abierto. Las obras, permitieron rescatar el claustro, que conserva tres de sus alas con un magnífico pavimento empedrado de los siglos XVI-XVII en perfecto estado de conservación; la antigua Sala Capitular, destinada a Sala de Reuniones, y el que fue el refectorio del monasterio, hoy Salón de Actos. La superficie construida alcanza los 6.532 m2, distribuidos en planta baja y dos alturas organizadas en diferentes niveles. Destaca también su biblioteca «Castilla y León».

Este monasterio fue lugar de peregrinación ya que albergó durante varios siglos la imagen del Cristo de Burgos, hoy conservado en la Catedral. Esta talla fue objeto de devoción de muchos personajes conocidos de la historia de España como Santa Teresa de Jesús o San Ignacio de Loyola. Por su capilla pasaron todos los reyes desde Isabel la Católica hasta Carlos II.