Según la tradición, el primitivo convento de los franciscanos fue fundado por el propio San Francisco cuando pasó por Burgos camino de Santiago. La primitiva comunidad estuvo instalada en una pequeña, y hoy desaparecida, iglesia, dedicada a San Miguel, ubicada en el cerro de este nombre, en las cercanías de la población. Hacia 1226, los franciscanos burgaleses bajaron de este emplazamiento y se instalaron más cerca de la ciudad, junto al Convento de la Trinidad, en el camino que conducía hacia Santander. Este nuevo convento pronto quedó bajo la protección de algunos magnates burgaleses, pasando a convertirse en uno de los lugares predilectos de enterramiento de los habitantes de la ciudad. Entre los personajes que más destacaron en el apoyo a la orden de San Francisco en Burgos sobresale don Ramón Bonifaz, almirante de Castilla y conquistador de Sevilla, que contribuyó, generosamente, a la edificación de la nueva iglesia y convento, y que fue enterrado en un grandioso sepulcro en este cenobio. La invasión napoleónica y los vaivenes políticos del siglo XIX contribuyeron a su abandono y a su práctica desaparición. En la actualidad, del magnífico edificio gótico y renacentista solo quedan los restos de uno de sus muros y un sepulcro.