Antigua puerta de la muralla medieval, aparece presidida por un escudo de la Ciudad.
La Puerta de San Gil forma parte del conjunto de murallas que mandó edificar el rey Alfonso X el Sabio en 1276 y cuyas obras se culminaron en el siglo XIV. La puerta original fue profundamente modificada a mediados del siglo XVI y en el siglo XVIII. En sus inmediaciones aún se conservan restos de un viejo cubo y la capilla de la Natividad de la iglesia de San Gil, que descansa sobre los restos de la antigua muralla.
Durante siglos, fue una de las entradas principales de Burgos desde el Norte. Además, ponía en contacto la ciudad con los cercanos y hoy casi totalmente desaparecidos convento de la Trinidad y convento de San Francisco. A lo largo de su historia, el Concejo dotó a este arco de diversos usos, entre los que destacaron el carcelario y, más tarde, el de casa de vecindad.