La diócesis de Burgos erigió este Museo del Retablo con el fin de preservar y restaurar el patrimonio de las iglesias abandonadas o en proceso de ruina. El espacio elegido fue la Iglesia de San Esteban, una de las parroquias más antiguas de la ciudad de Burgos. Su existencia se data ya en 1163. De esta iglesia destaca su portada policromada y su coro de estilo gótico isabelino, obra de Simón de Colonia.